Muzeum im. Jacka Malczewskiego współpracuje z wieloma muzeami narodowymi i okręgowymi w kraju.

Muzeum specjalizuje się we współpracy z muzeami lwowskimi, z którymi prowadzi rozległą wymianę wystaw oraz współpracę naukową.

Są to następujące muzea:

Lwowska Galeria Sztuki, Muzeum Historyczne Miasta Lwowa, Muzeum Etnograficzne we Lwowie, Muzeum Przyrodnicze Ukraińskiej Akademii Nauk we Lwowie oraz Muzeum im. Benedykta Dybowskiego Uniwersytetu Lwowskiego